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次世代シークエンサーDRY解析の入門書がついに完成!コマンドを叩いたことなんてこれまで一度もない、解析ができるハイスペックなPCを持っていない、そんな方でもMacが1台あれば今日から解析を始めることができます。
【CONTENTS】
はじめに
本書の使い方
■Level 1(準備編)
①Macの買い方
②コマンドラインの使い方
③Rの使い方
④データベースの選び方
⑤データ解析のための統計の基礎
● NGS基本用語解説
■Level 2(実践編)
①練習用公開データの選び方
②発現解析
● 発現解析・手順書
●【再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記
③疾患ゲノム解析
● 疾患ゲノム解析・手順書
●【再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
●【再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます
④エピゲノム解析(ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq)
● エピゲノム解析(ChIP-seq)・手順書
●【再現・検証】ウェットなPIのChIP-seqことはじめブログ
⑤エピゲノム解析(WGBS)
● エピゲノム解析(WGBS)・手順書①
●【再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
● エピゲノム解析(WGBS)・手順書②
●【再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート
■Level 3(論文別・作図コマンド解説)
A. R+pairs.panels
B. R+vioplot
C. R+ggplot2 grid
D. R+rGADEM
E. R+biomaRt+reshape2+ggplot2+grid+entropy
F. R+KEGGgraph
G. R+trisomy.R
H. R+edgeR+hclust
I. R+beanplot+boxplot+barplot+IGV
J. Perl+R+ChromHMM+IGV
K. R+python+visMut2sp.R
L. Velvet+Murasaki+GMV
M. Perl+gc_contentSkew+Tcl/Tk
N. imlib2+distriSNP
O. SQLite3+R+Ruby+Univa Grid Engine
おわりに
索 引