第1章　PCRの原理と準備
1.PCRの原理
　PCRのカイネティクス
　カイネティクスから見たPCRの注意点
2.DNA増幅装置と反応容器
　マイクロチューブでの反応
　マイクロタイタープレートでの反応
　マイクロキャピラリーでの反応
　その他
3.酵素
　酵素の種類
　ユニット数
　酵素の失活
4.プライマー
　プライマーデザイン上の注意
　nestedプライマー
　Tm（meltingtemperature）
　オリゴヌクレオチドの定量
　オリゴヌクレオチド合成の基礎知識
　オリゴヌクレオチドの精製法
　コラム：ゲル濾過の謎
　オリゴヌクレオチド購入の際の注意
　（いろいろなパラメーターについて）
　オリゴヌクレオチドを取扱う上での注意点
5.その他の試薬
　バッファー
　dNTPミックス
　ミネラルオイル

第2章　PCRの基本プロトコール
1.反応温度・サイクル数の設定
　熱変性の温度と時間
　アニーリングの温度と時間
　伸長反応の温度と時間
　サイクル数
　代表的なサイクルの例
2.反応液の調製
　プライマー濃度
　デオキシヌクレオシド三リン酸（dNTP）の濃度
　酵素濃度
　鋳型DNA量
　反応系の容量
3.アガロースゲル電気泳動によるチェック
4.ポジティブコントロールとネガティブコントロール
　ネガティブコントロール
　ポジティブコントロール
　反応液を調製する順序
5.微量DNAサンプルの調製法－末梢血のgenotypingを例に
6.PCR
7.トラブルシューティング
　コラム：裏表のあるやつ・無神経なやつ－手袋の話
8.書き込み欄付PCR実験ノート

第3章　PCR生成物のサブクローニング
1.PCR生成物クローニングの問題点
2.サブクローニングの様々な方法
　ブラントエンドライゲーション
　制限酵素認識配列の付加
　コラム：TaqポリメラーゼのTdT活性
　ウラシルDNAグリコシラーゼを用いたクローニング
　TAクローニング
3.制限酵素認識配列の付加法
　ベクターの調製
　インサートの調製
　ライゲーション
4.TAクローニング法
　Tベクターの調製
　Tベクター用のインサートの調製
　ライゲーション
　TAクローニング法の注意事項
　一般的なサブクローニングへの応用
5.プラスミドインサートチェック
　プラスミドインサートチェックの原理
　実験例：コロニーからのダイレクトPCR
　制限酵素処理によるインサートチェック
　サブクローニングしたPCR生成物の向きの決定

第4章　RT-PCR法
1.RT-PCR法の原理
2.RT-PCR法のポイント
　ゲノムDNAのコンタミ
　1ststrandcDNA合成のプライマー
　RNAの除去
　AGPC法の変法によるRNA抽出
3.RT-PCR法の実際
　オリゴ(dT)を用いた1ststrandcDNA合成
　ランダムプライマーを用いた1ststrandcDNA合成
　PCR
4.ホットスタート法
　コラム：ホットスタートがゲノムDNAで有効な理由
　高温で酵素を加える
　PCR用固形ワックスの使用
　抗Taqポリメラーゼ抗体の使用

第5章　PCRを用いた未知遺伝子のクローニング
1.一般的な注意
　ネガティブコントロールを作る
　サイズ分画を行う
　得られた断片の判定法を持つ
2.3’RACE法
　3’RACE法の原理
　3’RACE法のポイント
　1ststrandcDNA合成（3’RACE法）
　PCR（3’RACE法）
3.5’RACE法
　5’RACE法の原理
　コラム：RNAリガーゼを用いた5’RACEの改良法
　5’RACE法のポイント
　1ststrandcDNA合成（5’RACE法）
　1ststrandcDNAの精製（5’RACE法）
　TdTによるホモポリマーの付加
　PCR（5’RACE法）
4.degeneratePCR法
　degeneratePCR法の原理
　degeneratePCR法のポイント
　得られたフラグメントの判定
5.AP-PCR法とDD法

第6章　PCRのシークエンスへの応用
1.サイクルシークエンス法の原理
2.サイクルシークエンス法の利点
3.サイクルシークエンス法の実際
　コラム：プラスミドはなぜシークエンスできるのか？
　プラスミドを鋳型としたサイクルシークエンス法
　PCR生成物を鋳型としたサイクルシークエンス法

第7章　PCRを用いた多型分析
1.PCRを用いたマイクロサテライト多型の検出
2.PCR-RFLP法
3.シークエンス
4.PCR-SSCP法
　SSCP法の原理
　SSCP法の注意点
　PCR-SSCP法の実際
5.PCR-CFLP法

第8章　定量的PCR
1.PCRのカイネティクス
2.競合的PCR法
　2組のプライマー対を使う方法
　同一のプライマー対を使う方法
3.カイネティクス分析法による定量
　カイネティクスから見たPCRの定量可能性
　カイネティクス分析の原理
4.CCDイメージアナライザーを用いた定量
　CCDイメージセンサーによる定量の予想される問題点
　モデル実験
　ノーザンハイブリダイゼーションとの比較
　カイネティクス分析法の応用

第9章　PCRを用いた定量の実際
1.内部標準
　定量的PCRで定量されるもの
　サンプル量を補正するための内部標準
　内部標準の具体例
2.定量に用いる測定器の条件
3.RIを用いた定量法
　RIによる核酸の検出法
　様々な測定器を用いたシグナル（放射活性）の定量
　コラム：写真フィルムの感光
4.RIを用いない定量法
　蛍光による核酸の検出法
　様々な測定器を用いたシグナル（蛍光）の検出
　コラム：手持ちの条件で定量的PCRを行うために
5.RIを用いた定量的PCRの具体例
　カイネティクス分析のためのRT-PCR
　液体シンチレーションカウンターを用いた定量
　イメージングプレートを用いた定量
6.RIを用いない定量的PCRの具体例
7.カイネティクス分析のためのデータ解析法
　測定のバックグラウンド
　カイネティクス分析
　分析結果の解釈
8.半定量法（簡便法）
9.カイネティクス分析法の展開