目　次

図解　目で見る形態学
1． 目で見るイネの形態学
2． 目で見るシロイヌナズナの形態学
3． 目で見るミヤコグサの形態学
カラー口絵

第1章　基本的な栽培法
　1-1　イネの栽培法
　　　1．種子の乾燥と保存
　　　2．種子の休眠打破
　　　3．発芽
　　　4．栽培法
　　　5．採種
　1-2　シロイヌナズナの栽培法
　　　1．室内栽培
　　　2．無菌栽培
　　　3．病害虫対策
　1-3　ミヤコグサの栽培法および根粒菌接種法
　　　1．種子の滅菌・吸水処理法
　　　2．種子播種法
　　　3．種子収穫法
　　　4．害虫・病原菌対策
　　　5．inoculation potシステムによる根粒菌接種法

第2章　遺伝学的手法
　2-1　イネにおける突然変異株の分離と交配法
　　　1．突然変異体の分離
　　　2．交配法
　2-2　イネにおける遺伝子のマッピング
　　　1．突然変異遺伝子のマッピング
　　　2．量的形質遺伝子座（QTL）のマッピング
　2-3　シロイヌナズナにおける突然変異株の分離と交配法
　　　1．突然変異株の分離
　　　2．人為的な交配
　2-4　シロイヌナズナにおける遺伝子のマッピング
　　　1．遺伝様式の確定
　　　2．変異型F2個体の作製およびDNA抽出
　　　3．ラフマッピング
　　　4．ファインマッピング
　　　5．変異箇所の発見
　2-5　ミヤコグサにおける突然変異株の分離と交配法
　　　1．エチルメタンスルホン酸（EMS）による変異原処理
　　　2．突然変異株の分離
　　　3．人工交配法
　2-6　ミヤコグサにおける遺伝子のマッピング
　　　1．SSLPを用いたマッピング
　　　2．CAPSを用いたマッピング
　　　3．AFLP-STSによるマーカー作成
　　　4．BSAを用いた目的形質の迅速マッピング
　　　5．その他のマッピング手法
Short Topics
1　トルイジンブルー法 シロイヌナズナの表皮の異常を検出する

第3章　遺伝子クローニング
　3-1　DNA・RNAの単離法
　　3-1-1　イネのDNA・RNA単離法
　　　1．DNAの単離法
　　　2．RNAの単離法
　　3-1-2　シロイヌナズナのDNA・RNA単離法
　　　1．DNAの単離法
　　　2．RNAの単離法
　　3-1-3　ミヤコグサのDNA・RNA単離法
　　　1．DNAの単離法
　　　2．RNAの単離法
　3-2　ジーン／エンハンサートラップ法
　3-3　アクティベーションタギング法
　　　1．アクティベーションタギング用ベクターとアグロバクテリウムの入手先
　　　2．T1世代でのスクリーニング
　　　3．ラインを入手する場合の解析
　　　4．候補遺伝子の探索
　3-4　マップベースクローニング法　
　　3-4-1　イネのマップベースクローニング法
　　　1．解析用集団の大規模化
　　　2．遺伝子近傍のマーカーの作成
　　　3．高精度連鎖解析
　　　4．候補遺伝子の特定
　　　5．相補性検定
　　3-4-2　シロイヌナズナのマップベースクローニング法
　　　1．突然変異の遺伝形質の詳細なマッピング
　　　2．変異の原因遺伝子の候補の絞り込み
　　　3．変異の原因遺伝子であることの証明
　　3-4-3 ミヤコグサのマップベースクローニング法
　　　1．背景
　　　2．交配パートナーの選択
　　　3．F2種子の回収と近傍組換えF2個体の選抜
　　　4．F2バルク・AFLP法および染色体ウォーキング
　　　5．ダイレクトシークエンス法による変異部位の特定
　　　6．相補実験とミヤコグサTILLINGサービス
Short Topics
1　レーザーマイクロダイセクション法

第4章　培養系と形質転換法
　4-1　イネの培養系とエレクトロポレーションによる一過的発現解析
　4-2　イネのアグロバクテリウムによる形質転換法
　　　1．イネ完熟種子からのカルス誘導
　　　2．アグロバクテリウム菌の準備
　　　3．アグロバクテリウムの接種と除菌，形質転換体選抜
　4-3　シロイヌナズナの培養系と形質転換法
　　　1．細胞培養法
　　　2．簡便な形質転換法
　4-4　減圧浸潤法および花序浸し法によるシロイヌナズナの形質転換
　4-5　ミヤコグサの培養系
　　　1．毛状根培養
　　　2．無菌植物のクローン増殖と馴化
　　　3．不定根培養
　4-6　ミヤコグサのアグロバクテリウムによる形質転換法
　　　1．アグロバクテリウムによる形質転換個体の作出
　　　2．毛状根形質転換系
Short Topics
1　イネのターゲティング変異体の作製

第5章　遺伝子の機能解析
　5-1　レポーター遺伝子による解析法
　　5-1-1　ルシフェラーゼ
　　　1．生物発光の連続測定実験の概略
　　　2．生物発光測定実験の注意点
　　5-1-2　 GFPをはじめとする蛍光タンパク質
　　　1．蛍光タンパク質の選択
　　　2．蛍光タンパク質との融合
　　　3．植物細胞への導入
　　　4．PEGを用いたシロイヌナズナ培養細胞への一過的遺伝子導入
　　5-1-3　GUS
　5-2　in situハイブリダイゼーション法
　　5-2-1　イネにおけるin situハイブリダイゼーション法
　　　1．固定・包埋・切片の作製
　　　2．RNAプローブの作製
　　　3．ハイブリダイゼーション
　　　4．洗浄
　　　5．発色反応
　　　6．組織の封入と観察
　　5-2-2　シロイヌナズナの胚と茎頂におけるin situハイブリダイゼーション法
　　　1．固定および包埋
　　　2．RNAプローブの作製
　　　3．切片の作製
　　　4．ハイブリダイゼーション
　　5-2-3　シロイヌナズナの根におけるin situハイブリダイゼーション法
　　　1．固定・包埋・切片の作製
　　　2．RNAプローブの作製
　　　3．ハイブリダイゼーション
　5-3　免疫電子顕微鏡法
　5-4　GFP融合によるタンパク質の組織局在の観察
　5-5　共焦点顕微鏡による観察法
　　　1．タバコ培養細胞におけるGFPマーカーの一過的発現系での観察
　　　2．形質転換シロイヌナズナにおける蛍光色素FM4-64を用いた観察
　5-6　動物のステロイドホルモンを用いた発現誘導系の利用
　5-7　in vitroトランスレーションシステム
　　　1．コムギ種子からの胚芽の単離および胚芽抽出液の調製
　　　2．転写鋳型の調製
　　　3．mRNA合成および精製
　　　4．タンパク質合成反応
　　　5．アフィニティーレジンを使ったタンパク質精製法
　5-8　大腸菌による組換えタンパク質の産生
　　　1．組換えタンパク質の発現誘導
　　　2．アフィニティークロマトグラフィーによる精製
　5-9　プルダウンアッセイ法
　　　1．融合タンパク質をレジンに結合後，相互作用を解析する方法
　　　2．融合タンパク質とタンパク質Yを先に相互作用させる方法
　5-10　RNAi法
　　　1．RNAiトリガーベクターの作成
　　　2．pANDAを利用したRNAi実験例
　5-11　マイクロアレイ法
　　　1．cDNAマイクロアレイの作成
　　　2．RNAの調製
　　　3．プローブDNAの調製
　　　4．ハイブリダイゼーションおよび洗浄
　　　5．スキャニングおよびデータ解析
Short Topics
1　FISH法
2　FRETによるリアルタイムイメージング
3　FOXハンティングシステム

第6章　ゲノム解析のリソース
　6-1　イネのゲノムリソース
　　　1．農業生物資源研究所で公開・提供している研究材料と研究支援
　　　2．クローンおよび系統の入手方法
　6-2　シロイヌナズナのゲノムリソース
　　　1．シロイヌナズナのゲノムリソースとリソースセンター
　　　2．リソースに関わる権利と規則
　　　3．今後期待されるシロイヌナズナリソース
　6-3　ミヤコグサのゲノムリソース
　　　1．ゲノム構造情報と遺伝地図情報
　　　2．遺伝子発現解析のためのリソース
　　　3．ナショナルバイオリソースプロジェクト
　　　4．海外のリソースの紹介
　6-4　Gatewayベクター
　　　1．エントリークローン
　　　2．デスティネーションベクター
Short Topics
1　メタボローム解析
2　プロテオーム解析

第7章　役立つウェブサイトの紹介
　7-1　ゲノム情報解析ツール
　　　1．配列アラインメント
　　　2．配列解析
　　　3．検索・リンク
　7-2　データベース
　　7-2-1　イネのデータベース
　　　1．配列情報に関するデータベース
　　　2．イネの遺伝資源や系統，実験材料に関する情報
　　7-2-2　シロイヌナズナのデータベース
　　　1．シロイヌナズナ・データベースの現状
　　　2．主要なウェブサイト
　　7-2-3　ミヤコグサ・根粒菌のデータベース
　　　1．ミヤコグサの個体・系統データベース
　　　2．ゲノム・EST情報データベース
　　　3．根粒菌・個体データベース
　　　4．インターネットコミュニティ
　　7-2-4　その他の植物のデータベース
　　　1．配列決定の進んでいる植物ゲノムデータベース
　　　2．ゲノム情報一般を扱ったデータベース