第1章　導入編 プロテオミクスとその解析技術
I．プロテオームとプロテオミクス
II．ゲノム情報と質量分析を基盤にしたプロテオーム解析技術
III．解析の流れ

第2章　質量分析のためのゲル染色法
I．質量分析用の銀染色
II．市販の銀染色キット， 他の染色法との比較（染色性）
III．市販の銀染色キット， 他の染色法との比較（質量分析による解析）

第3章　プロテアーゼによるゲル内消化
I．ゲル内消化のプロトコール
II．多数の試料の同時処理

第4章　サンプルの脱塩法
I．脱塩法の原理
II．ナノカラムを自作する
III．ZipTipを用いた脱塩法
IV．C18以外の担体と， 様々な工夫

第5章　MALDI-TOF質量分析計による測定
I．MALDI-TOF MSによる質量分析
II．マススペクトルの評価

第6章　PMF法によるタンパク質同定， データベース検索
I．ピークリストの作製
II．代表的な検索サイトを利用した検索

第7章　Q-TOF型質量分析計によるマススペクトル測定， MS/MS測定
I．ESI-Q-TOFによる質量分析
II．測定の準備
III．マススペクトルの測定
IV．MS/MSスペクトルの測定
V．キャリブレーション

第8章　キャピラリー高速液体クロマトグラフィー
I．キャピラリーHPLCの原理と実際

第9章　LC/MS/MS測定
I．ナノスプレー・イオン源
II．測定パラメーターの設定
III．実際の自動LC/MS/MS測定

第10章　イオントラップを使ってみよう
I．イオントラップ型質量分析計の原理
II．ナノスプレー・イオン源
III．測定準備
IV．インフュージョンによるマススペクトルの測定
V．LC/MSの測定

第11章　MS/MSスペクトルの解釈とシークエンスタグ
I．スペクトルの処理
II．MS/MSスペクトルからアミノ酸配列を読む
III．ソフトウェアを使う

第12章　MS/MS解析によるデータベース検索
I．MS/MSスペクトルからのピークリスト作成
II．MS/MS解析からの，インターネットを介したデータベース検索
III．自動検索ツール

第13章　タンパク質翻訳後修飾の解析
I．プリカーサースキャン法の原理
II．解析法の概要
III．ネガティブモードでのMS測定
IV．プリカーサースキャン
V．ポジティブモードのMS/MS測定
VI．LC/MSでのプリカーサースキャン

第14章　ディファレンシャル解析
I．原理
II．ラベル試薬による標識反応とトリプシン処理
III．陽イオン交換樹脂カートリッジによる過剰試薬の除去
IV．アビジンカラムによる標識ペプチド精製とビオチニル基の切断
V．サンプルの脱塩とマススペクトルの測定

コラム
播磨プロテオミクス・サマースクール

付録
プロテオミクスのためのウェブサイト