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次世代シークエンサーDRY解析教本

  • 正誤表
シリーズ:
細胞工学  > 細胞工学別冊

細胞工学別冊 次世代シークエンサーDRY解析教本  

監修:
清水厚志(岩手医科大学/いわて東北メディカル・メガバンク機構教授)
坊農秀雅(情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授)
サイズ:
B5変型判
頁数:
408ページ
定価:
本体5,400円(税別)
発行年月:
2015年10月15日発行
ISBN_10:
4-7809-0920-1
ISBN_13:
978-4-7809-0920-3

次世代シークエンサーDRY解析の入門書がついに完成!コマンドを叩いたことなんてこれまで一度もない、解析ができるハイスペックなPCを持っていない、そんな方でもMacが1台あれば今日から解析を始めることができます。

【CONTENTS】
はじめに
本書の使い方

■Level 1(準備編)
 ①Macの買い方
 ②コマンドラインの使い方
 ③Rの使い方
 ④データベースの選び方
 ⑤データ解析のための統計の基礎
 ● NGS基本用語解説

■Level 2(実践編)
 ①練習用公開データの選び方
 ②発現解析
  ● 発現解析・手順書
  ●【再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記
 ③疾患ゲノム解析
 ● 疾患ゲノム解析・手順書
 ●【再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
 ●【再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます
 ④エピゲノム解析(ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq)
 ● エピゲノム解析(ChIP-seq)・手順書
 ●【再現・検証】ウェットなPIのChIP-seqことはじめブログ
 ⑤エピゲノム解析(WGBS)
 ● エピゲノム解析(WGBS)・手順書①
 ●【再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
 ● エピゲノム解析(WGBS)・手順書②
 ●【再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート

■Level 3(論文別・作図コマンド解説)
 A. R+pairs.panels
 B. R+vioplot
 C. R+ggplot2 grid
 D. R+rGADEM
 E. R+biomaRt+reshape2+ggplot2+grid+entropy
 F. R+KEGGgraph
 G. R+trisomy.R
 H. R+edgeR+hclust
 I. R+beanplot+boxplot+barplot+IGV
 J. Perl+R+ChromHMM+IGV
 K. R+python+visMut2sp.R
 L. Velvet+Murasaki+GMV
 M. Perl+gc_contentSkew+Tcl/Tk
 N. imlib2+distriSNP
 O. SQLite3+R+Ruby+Univa Grid Engine

おわりに
索  引