代表的な植物
野生のシロイヌナズナとその近縁種
多様な環境に適応したイネ属
カラー口絵

第1章　進化学の基礎
1-1 進化の基本法則
　1. 自然選択による適応進化の基本ロジック
　2. 自然選択理論 ―適応度の増加を考える―
　3. 自然界での自然選択の強さ
　4. 中立理論 ―ランダムウォークがもたらす大きな力―
　5. 中立理論を支持する分子進化パターン
　6. 進化のゲーム理論 ―寄生蜂における性比調節の進化―

1-2 集団遺伝学の基礎
　1. 遺伝的多型と対立遺伝子頻度
　2. ハーディ・ワインベルグの法則
　3. 連鎖不平衡
　4. 近親交配と近交係数
　5. 自然選択
　6. 遺伝的浮動
　7. 集団構造とF-統計量
　8. F-統計量の計算の実際
　9. 移住の効果
　10. 生物学的種と種分化

1-3 進化ゲノム学の基礎 ―分子生物学者への入門10ヵ条―
　1. 進化ゲノム学の手法 1 ―natural variationからの遺伝子単離―
　2. 進化ゲノム学の手法 2 ―自然選択と集団プロセスの検出―
　3. モデル生物の進化ゲノム学プロジェクト―マーカーの発展―
　4. 分子生物学者への入門10ヵ条

1-4 植物の比較ゲノム解析
　1. 塩基配列レベルでの比較
　2. 配列上類似したタンパク質の比較
　3. 系統プロファイリング
　4. 相同なタンパク質の並び方の比較
　5.植物ゲノムの比較解析例

1-5 植物の系統
　1. 植物とは
　2. 緑色植物 Viridophytes
　3. 有胚植物（陸上植物） Embryophytes
〈コラム〉　原始的植物や高等植物という用語

Short Topics
1 サクラソウの保全と集団遺伝学
　1. サクラソウの繁殖過程の理解
　2. 集団分化の把握

2 植物になるという進化 ―ハテナ発見の意義―
　1. 二次共生による植物の進化
　2. 進行する植物化
　3. 植物化のはじまり

第2章　適応進化と種分化 ―モデル生物の進化ゲノム学―
2-1 種分化と生殖システムの進化
　1. 種分化
　2. 繁殖戦略

2-2 局所適応と生態的分化
　1. エコタイプ（生態型）
　2. 共通圃場実験と相互移植実験
　3. 植物における生態的分化
　4. 生態的分化に影響する要因
〈コラム〉　表現型可塑性の遺伝的変異と遺伝的順応

2-3 植物の表現型可塑性とその進化
　1. 表現型の可塑性とそのコスト
　2. 避陰反応という形の表現型可塑性
　3. 陽葉・陰葉の可塑性
　4. 細胞サイズの可塑性とその背景
　5. 可塑性の消失とスペシャリストの進化 ―矮小化の例―
〈コラム〉　可塑性の範囲

2-4 シロイヌナズナ―病原菌相互作用に見る自然選択
　1. 植物―病原体相互作用メカニズム
　2. シロイヌナズナにおけるR遺伝子の進化
　3. 病原菌PseudomonasにおけるAvr遺伝子の進化
　4. その他の植物―病原体共進化
　5. イネゲノムとR遺伝子

2-5 栽培植物進化遺伝学への招待 ―農業生態系における適応進化―
　1. トウモロコシの起源
　2. テオシンテからトウモロコシへ
　3. Selection screen ―栽培化遺伝子の大規模探索―

2-6 イネはどのように栽培化されたのか？
　1. ゲノム解読以前のイネの栽培化に関する諸説
　2. DNA配列の多様性から見たイネの栽培化
　3. 各栽培化遺伝子の多様性から見たイネの栽培化
　4. 栽培化過程ステップ
〈コラム〉　作物の栽培化過程

2-7 地球環境変動による植物の分布の変化と遺伝的構造
　1. 第四紀の分布域変遷と系統地理学
　2. 自然選択から作られる系統地理学的構造
　3. 進化生物学としての系統地理学 ―量から質への展開―

Short Topics
1 自家不和合性の理論的研究
　1. 自家不和合性の仕組みとS遺伝子
　2. 自家不和合性の起源
　3. 自家不和合性遺伝子に働く淘汰
　4. 自家不和合性遺伝子の分子進化
　5. 自家不和合性の進化動態
　6. S遺伝子座に連鎖する有害遺伝子

2 イネゲノムと生殖的隔離
　1. イネのゲノム分類
　2. イネゲノムの重複と穀類ゲノムとの共有
　3. 亜種間および野生種との比較ゲノム解析によるイネゲノム進化の様相
　4. 栽培イネにおける雑種不稔研究
　5. ゲノムワイドな生殖的隔離障壁の検定と相互作用因子

3 東南アジア熱帯雨林の一斉開花
　1. 一斉開花 ―東南アジア熱帯雨林のお祭り―
　2. 一斉開花の気象シグナルは何か
　3. 一斉開花はなぜ，いつ進化したのか
　4. 一斉開花の分子メカニズム解明に向けて

4 シロイヌナズナの近縁種に見られる染色体構造の進化
1. 近縁種との比較ゲノム解析
2. 動原体反復配列の進化について

第3章　表現型進化と比較ゲノム学
3-1 発生遺伝子の進化
　1. 陸上植物の発生の基盤を担う遺伝子の比較解析
　2. 植物ホルモン関連遺伝子の進化
　3. 個別の組織・器官形成に関わる遺伝子の進化

3-2 光合成生物の概日時計の分子進化
　1. シアノバクテリアの概日時計システム
　2. 植物の概日時計システム

3-3 葉緑体の誕生と水平伝播
　1. 真核生物における葉緑体の系譜
　2. 共生藻のオルガネラ化

3-4 共進化 ―植物と細菌，真菌，昆虫の相互作用を中心に―
　1. 寄生
　2. 共生

Short Topics
1 初期地球におけるシアノバクテリアの起源
　1. シアノバクテリアの起源
　2. シアノバクテリアの多様化

索引